通常采用咽拭子或鼻咽拭子从口腔或鼻腔黏膜采集样本，也可通过痰液、肺泡灌洗液等方式获取。采集时需严格遵循无菌操作规范，医护人员会使用专用拭子擦拭咽后壁或鼻咽部，部分情况下可能需同时采集多个部位。
1. 核酸提取：样本经裂解液处理释放核酸，再通过离心纯化去除杂质，最终获得病毒RNA或DNA。
2. 反转录：若检测RNA病毒（如新冠病毒），需先将RNA反转录为cDNA以便后续扩增。
3. PCR扩增：采用实时荧光定量PCR（qPCR）等技术，通过引物特异性扩增目标核酸片段，循环放大信号以提高检测灵敏度。
扩增产物通过荧光信号或序列比对判断阴阳性，实验室会综合质量控制标准出具报告。若结果为阳性需结合临床症状复核，阴性结果但存在高风险接触史者可能需复检。
不同机构可能采用RT-PCR、等温扩增或基因测序等技术，具体流程可能略有差异。
