1. 嵌入结合：染料分子通过平面结构嵌入核酸双链的碱基对之间，依赖疏水相互作用和碱基堆积力实现稳定结合。这种结合方式对双链核酸具有特异性，因单链核酸缺乏规则螺旋结构而结合较弱。
2. 静电相互作用：带正电荷的染料（如溴化乙锭）与核酸磷酸骨架的负电荷通过静电吸引结合，离子强度升高会增强此类作用。
3. 荧光特性改变：染料结合后因微环境变化（如极性降低）导致荧光增强或发射波长偏移。例如，EB-DNA复合物的荧光强度比游离EB高20-30倍。
4. 影响因素：
5. 染料类型差异：
- MIDORIGreen：新型非致癌染料，无法穿透细胞膜，适合安全实验需求。
