感染初期病毒载量较低，尤其在窗口期内（即“强隐期”或“前隐期”），病毒复制未达到可检测水平，可能导致前期多次阴性结果。例如，有病例在症状出现后多次检测阴性，直至病毒载量峰值（通常感染后5-6天）才检出阳性。个体免疫状态差异也会影响病毒复制速度，延缓阳性检出时间。
病毒在呼吸道不同部位的分布不均，下呼吸道（如肺泡灌洗液）病毒载量通常高于上呼吸道（如咽拭子）。若采样部位病毒量不足，也可能导致多次阴性。患者排毒浓度波动或采样时刚咳痰清理呼吸道，也会暂时降低检出率。
杭州曾报告病例需7次检测才呈阳性，类似情况在武汉、西安等地也有发生。为提高准确性，建议对疑似病例反复多轮检测，并结合临床症状综合判断。杭州市常态化核酸检测频次曾调整为72小时，以降低漏诊风险。
