核酸（DNA/RNA）在碱性条件下带负电荷，而多数染料分子（如溴化乙锭、GelGreen）带正电荷，两者通过静电吸引结合。这种结合使染料嵌入核酸碱基对之间或吸附于双链表面，形成稳定的复合物。
染料分子通常含芳香环结构（如苯环、吡啶环），能够吸收紫外线或蓝光并发射荧光。未结合核酸时，染料荧光较弱；与核酸结合后，其荧光强度显著增强（可达50倍以上），从而通过紫外或蓝光激发实现可视化检测。
除电荷作用外，氢键和疏水作用也参与结合过程。染料分子的极性基团与核酸碱基形成氢键，疏水部分则与碱基的疏水区域相互作用，进一步稳定复合物。例如，GelGreen通过独特的分子设计实现高灵敏度且低背景噪声的检测。
1. 传统染料（如溴化乙锭）
通过嵌入DNA双链碱基对间，但存在细胞毒性和致突变风险。
2. 新型安全染料（如GelGreen）
采用水溶性荧光探针设计，无需嵌入即可结合，无毒性且兼容蓝光/紫外激发系统。
- 泡染法：电泳后浸泡染色，减少对核酸迁移的干扰，适合大片段分离。
