目前最常用的检测方法，通过反转录酶将病毒RNA转化为cDNA，再利用荧光标记探针进行PCR扩增，实时监测荧光信号判断病毒核酸存在。其优势在于高灵敏度和特异性，适用于早期感染筛查，但需专业设备和技术人员操作。
包括环介导等温扩增（LAMP）和SAT技术（实时荧光核酸恒温扩增检测技术），在恒定温度下完成核酸扩增，无需复杂温控设备。例如SAT技术通过RNA恒温扩增结合荧光检测，40分钟内出结果，灵敏度优于传统PCR，且污染风险低。
对病毒全基因组或部分基因测序，用于确定病毒分型、变异监测及传播链分析。虽然成本较高，但在研究病毒进化及精准防控中具有不可替代的作用。
基于CRISPR-Cas系统对病毒核酸的特异性识别与切割，具有高灵敏度和快速检测潜力，但目前主要处于研究阶段，临床应用较少。
不同技术需根据检测目的（如确诊、筛查或研究）、场所条件及成本综合选择。采样质量、操作规范等因素可能影响结果准确性，需结合临床判断。
