免费核酸检测能显著提升民众参与筛查的积极性，尤其对经济困难群体而言，消除了费用顾虑。山东的实践表明，该政策有助于实现“应检尽检”，快速发现感染者并阻断传播链。联防联控机制也明确要求单纯核酸检测免收门诊诊查费，以降低筛查门槛。
免费政策可能导致过度检测，挤占医疗资源。例如部分试点城市出现健康人群反复检测，影响重症患者及时就诊。频繁检测还可能带来辐射暴露等健康风险，且假阳性结果易引发不必要的焦虑和医疗干预。
核酸检测涉及试剂、人力和设备成本，长期免费可能加重财政负担。目前政策多针对疫情防控需求（如密接者筛查）或特定人群（如老年人健康管理），非必要情况（如自愿出行检测）通常需自费。
不同地区免费范围存在差异，公立机构普遍免费，而私立医院或特殊需求可能收费。2025年基本公共卫生服务虽增加经费，但仍需优先保障慢性病等重点人群，核酸检测免费政策的持续性可能随疫情变化调整。
综上，免费核酸检测在应急防控阶段利大于弊，但需通过精准分群（如高风险人群优先）、动态调整政策（如疫情平稳后恢复部分收费）来平衡公共利益与资源效率。
